Nato a Roma da famiglia senese, fu socio in gioventù dell'Accademia degli Incitati, nell'ambito della quale compose alcuni dialoghi (La Fiamma, Il Sadoleto e Il Bulgarino, dedicato a Bellisario Bulgarini e riguardante la questione dell'uso del "voi" allocutivo per rivolgersi a una sola persona: tutti e tre i testi sono andati perduti) e pubblicò un volume di Rime platoniche (Venezia, Cornelio Arrivabene, 1585) di imitazione petrarchesca. La dedizione al petrarchismo è testimoniata anche dalla stesura di una Partenodoxa o vero Esposition della canzone del Petrarca alla Vergine Madre di Dio (Siena, Marchetti, 1607), mentre alla canzone del Cavalcanti Donna me prega è rivolta la Espositione del maestro Egidio Colonna romano (Siena, Marchetti, 1602), ricavata da una silloge di rime antiche che Cittadini aveva compilato negli anni romani (BAV, Chigi L IV 122) e che, insieme alla raccolta dedicata agli antichi poeti senesi (della quale esistono vari esemplari, il più antico conservato presso la Biblioteca Comunale di Siena, segn. H X 2), rappresenta senza dubbio uno dei migliori frutti dei suoi studi antiquari. Questi spaziarono dall'araldica alla storia locale (Delle antichità delle armi o insegne delle case, 1741) e gli valsero la nomina a archivista perpetuo della città di Siena, che precedette di poco quella a lettore di toscana favella presso lo Studio (1598). Con la prolusione recitata per l’inizio dei corsi dello stesso anno (Della degnità del lenguaggio humano, cui seguirono nel 1600 quella Della preminentia della lingua Toscana fra l’altre viventi e nel 1602 quella Delle laudi della Toscana favella, poi stampate in volume unico a Siena dal Marchetti nel 1603) prende l’avvio il periodo della vita del Cittadini più intensamente dedicato a studi di lingua. Nel 1601 (a Venezia, per Giovan Battista Ciotti) viene pubblicato il Trattato della vera origine e nome e sviluppo della nostra lingua, dedicato a Scipione Bargagli, con un’appendice costituita da un breve Trattato de gli articoli e di alcune altre particelle della volgar lingua di ascendenza castelvetrina. Alla frequentazione del Bargagli e del Bulgarini e all'approfondimento degli scritti anche inediti del Tolomei sono debitori il breve trattato Degl’idiomi toscani (di incerta datazione, pubblicato nel 1721 nel volume delle Opere curato dal Gigli e poi riproposto da Teresa Poggi Salani) e le ampie Origini della volgar toscana favella (Siena, Marchetti, 1604). Al dibattito senese di inizio Seicento è collegato anche il volgarizzamento del De vulgari eloquentia pubblicato da Elena Pistolesi.