Erede in giovane età di un ricco patrimonio, ottenne ben presto rinomanza componendo oratori, cantate e drammi sacri e profani per musica raccolti nelle Poesie drammatiche (Venezia 1700) e nelle Opere nuove (ivi 1704). Membro di numerose accademie (gli Intronati di Siena, la Crusca, gli Accesi di Bologna e i Timidi di Mantova), dal 1698 tenne la cattedra di lingua toscana all’Università di Siena, da cui fu però allontanato per il risentimento dei gesuiti da lui satireggiati in alcuni sonetti, ma soprattutto nella commedia antigesuitica Don Pilone ovvero Il bacchettone falso (Lucca 1711). Accolto nei circoli letterari e divenuto accademico arcade, proseguì a Roma la sua polemica antigesuitica e antiaccademica con gli Avvisi ideali o Gazzettino (Roma 1712-13). Con la pubblicazione delle opere di S. Caterina da Siena (1707-13) e di Celso Cittadini (1721), si propose di offrire un saggio di un progetto più ampio, risalente al 1707 e intitolato dallo stesso Gigli L'Accademia sanese, che prevedeva l'edizione di 37 opere senesi di varia epoca e genere, edite e manoscritte: una specie di canone letterario e linguistico alternativo e apertamente polemico rispetto a quello del Vocabolario della Crusca. Il valore ideologico del progetto, che non venne portato a compimento, risalta pienamente nel successivo Vocabolario cateriniano (1717), nel quale venivano lemmatizzate forme, voci e espressioni per lo più tipicamente senesi presenti nelle opere di Caterina e escluse dal Vocabolario della Crusca, con numerosi riferimenti alla Scuola senese cinque e seicentesca e in particolare al Turamino bargagliano. La polemica anticruscante sfociò nell’interruzione della stampa del Vocabolario cateriniano (1717), simbolicamente messo al rogo, e nell’espulsione dalla Toscana e da Roma. Le suppliche al granduca Cosimo III e al papa, nonché una ritrattazione alla Crusca, gli permisero di rientrare a Roma dove proseguì la sua attività di scrittore, commediografo e grammatico (Del Collegio petroniano delle balie latine [1719], Regole per la toscana favella [1721], Lezioni di lingua toscana [1722]).